যমুনা নদীর ওপর নির্মিত রেল সেতু প্রকল্পের বিশেষ নিরীক্ষায় ১০ হাজার ৪৭৯ কোটি ১৯ লাখ টাকার বেশি আর্থিক অনিয়ম ও ক্ষতির তথ্য উঠে এসেছে। কম্পট্রোলার অ্যান্ড অডিটর জেনারেলের কার্যালয়ের তত্ত্বাবধানে তৈরি প্রতিবেদনে বলা হয়, ২০১৬-১৭ থেকে ২০২৩-২৪ অর্থবছর পর্যন্ত প্রকল্পের কার্যক্রম পর্যালোচনা করা হয়েছে। চুক্তি অনুযায়ী জাপান বা ভিয়েতনাম থেকে স্টিল গার্ডার ট্রাস আসার কথা থাকলেও তা মিয়ানমার থেকে সরবরাহ করা হয় বলে প্রতিবেদনে উল্লেখ করা হয়েছে।

যমুনা সেতুর প্রায় ৩০০ মিটার উজানে ৪ দশমিক ৫ কিলোমিটার ডুয়েল গেজ ডাবল ট্র্যাক রেল সেতুসহ সংশ্লিষ্ট অবকাঠামো নির্মাণে প্রকল্পটি নেওয়া হয়। প্রাথমিক ব্যয় ছিল ৯ হাজার ৭৩৪ কোটি টাকা, যা বেড়ে প্রায় ১৬ হাজার ৭৮১ কোটি টাকায় দাঁড়ায়; শেষের সময়ও ডিসেম্বর ২০২৩ থেকে ডিসেম্বর ২০২৫ পর্যন্ত বাড়ানো হয়। নিরীক্ষায় অপ্রয়োজনীয়ভাবে স্টিল পাইপ শিট পাইল প্রযুক্তি ব্যবহারে প্রায় ৭ হাজার ৪৭ কোটি টাকা ক্ষতির কথা বলা হয়েছে।

প্রতিবেদনে দরপত্র, বিল পরিশোধ, নকশা, কর ও যানবাহন কেনাসহ নানা বিষয়ে আপত্তি তোলা হয়েছে এবং ট্রেন চলাচলের সময় অতিরিক্ত কম্পনের কথাও বলা হয়েছে। প্রকল্প পরিচালক আল ফাত্তাহ মো. মাসুদুর রহমান অনিয়মে জড়িত থাকার কথা অস্বীকার করে নিরীক্ষা প্রতিবেদনের ব্যাখ্যা দেবেন বলে জানিয়েছেন।