ইসলামী আন্দোলন বাংলাদেশের সিনিয়র নায়েবে আমির মুফতি সৈয়দ মোহাম্মদ ফয়জুল করীম ত্রয়োদশ জাতীয় সংসদ নির্বাচনে বরিশাল সদর-৫ ও বরিশাল-৬ (বাকেরগঞ্জ) আসনে প্রতিদ্বন্দ্বিতা করে উভয় আসনেই পরাজিত হয়েছেন। বরিশাল সদর-৫ আসনে বিএনপি প্রার্থী অ্যাডভোকেট মজিবর রহমান সরোয়ার ধানের শীষ প্রতীকে ১ লাখ ৩০ হাজার ৬ ভোট পেয়ে বিজয়ী হন, আর ফয়জুল করীম হাতপাখা প্রতীকে পান ৯৩ হাজার ২১৬ ভোট। এ আসনে মোট ভোটার ছিলেন ৪ লাখ ৬৮ হাজার ৫৬৯ জন, যার মধ্যে ৪৮ শতাংশ ভোট কাস্ট হয়।

বরিশাল-৬ (বাকেরগঞ্জ) আসনে বিএনপি প্রার্থী আবুল হোসেন খান ৮১ হাজার ৮৭ ভোট পেয়ে বিজয়ী হন। জামায়াতে ইসলামী প্রার্থী মো. মাহামুদুন্নবী ৫৪ হাজার ৫৩৩ ভোট পেয়ে দ্বিতীয় এবং ফয়জুল করীম ২৮ হাজার ৮২৩ ভোট পেয়ে তৃতীয় হন। সহকারী রিটার্নিং অফিসার রুমানা আফরোজ ফলাফল ঘোষণা করেন। এ আসনে মোট ভোটার ছিলেন ২ লাখ ৯৫ হাজার ৫০৯ জন এবং ১ লাখ ৭০ হাজার ভোট কাস্ট হয়।

দুটি আসনে পরাজয়ের পর ইসলামী আন্দোলনের নেতাকর্মীরা হতাশা প্রকাশ করেছেন। রাজনৈতিক বিশ্লেষকরা জামায়াতের সঙ্গে সম্পর্কের টানাপোড়েন ও ভোটার ক্ষোভকে পরাজয়ের সম্ভাব্য কারণ হিসেবে দেখছেন।