অন্তর্বর্তী সরকারের প্রতি শুরুতে সমর্থন জানালেও, বিএনপি নেতা তারেক রহমানের সঙ্গে লন্ডনে বৈঠকের পর প্রধান উপদেষ্টা ড. মুহাম্মদ ইউনূসের নিরপেক্ষতা নিয়ে প্রশ্ন তুলেছে বাংলাদেশ জামায়াতে ইসলামী। এই ঘটনার প্রতিবাদে ১৭ জুনের ঐক্যমত্য সংলাপে অংশ নেয়নি দলটি। যদিও পরদিন আলোচনায় ফিরে আসে, জামায়াত নেতারা সতর্ক করেছেন যে পক্ষপাতিত্ব চললে সংস্কার কার্যক্রম বাধাগ্রস্ত হতে পারে। দলটি নির্বাচনী আইনশৃঙ্খলা নিয়ে স্বরাষ্ট্র উপদেষ্টার মন্তব্যেরও সমালোচনা করেছে।