খুলনার নর্থ ওয়েস্টার্ন ইউনিভার্সিটি দখল নিয়ে একাধিক পক্ষের মধ্যে তীব্র দ্বন্দ্ব ও আইনি জটিলতা দেখা দিয়েছে। আগস্টের পর থেকে ট্রাস্টি বোর্ডের চেয়ারম্যান ও সদস্য সচিব পদ দখলের প্রচেষ্টায় প্রতিষ্ঠানটি ক্ষতিগ্রস্ত হচ্ছে। প্রতিষ্ঠাতা ট্রাস্টিদের ক্যাম্পাসে প্রবেশ নিষিদ্ধ করা হয়েছে এবং তাদের বিরুদ্ধে রাজনৈতিক কার্যালয় ভাঙচুরের মামলা দেওয়া হয়েছে। বৈধতা চ্যালেঞ্জ করে মামলা করা ট্রাস্টি পবিত্র কুমার সরকারকে পরে মহানগর গোয়েন্দা পুলিশ গ্রেপ্তার করে।

২০১২ সালের নভেম্বরে খুলনার প্রথম বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয় হিসেবে যাত্রা শুরু করা এই প্রতিষ্ঠানে রাজনৈতিক পরিবর্তনের সঙ্গে নেতৃত্বেও পরিবর্তন আসে। সাবেক চেয়ারম্যান তালুকদার আবদুল খালেক আত্মগোপনে গেলে বিএনপি সমর্থিত সিরাজুল হক চৌধুরী দায়িত্ব নেন, পরে ২০২৫ সালের মে মাসে মিজানুর রহমান নিজেকে চেয়ারম্যান ঘোষণা করেন। ইউজিসি পরে মিজানুর রহমান ও হাফিজুর রহমানকে অবৈধ ট্রাস্টি ঘোষণা করে এবং ২০২৬ সালের জানুয়ারিতে আদালত তাদের কার্যক্রমে নিষেধাজ্ঞা দেয়।

রায়ের পরও তারা কার্যক্রম চালিয়ে যাচ্ছেন এবং রায়ের বিরুদ্ধে আপিল করেছেন, যার শুনানি ১৬ এপ্রিল নির্ধারিত। শুনানির আগে পবিত্র সরকারের গ্রেপ্তার ঘটনায় সহকর্মীরা উদ্বেগ প্রকাশ করেছেন।