কুমিল্লা ধান গবেষণা ইনস্টিটিউটে নানা অনিয়ম ও দুর্নীতির অভিযোগ উঠেছে। আধুনিক ধান কাটার যন্ত্রটি এক বছর ধরে খোলা আকাশের নিচে পড়ে থাকলেও শ্রমিক দিয়ে অতিরিক্ত মজুরিতে ধান কাটা হচ্ছে। এতে সরকারি অর্থের অপচয় ঘটছে এবং প্রতিষ্ঠানটি লোকসানের মুখে পড়েছে। অভিযোগ রয়েছে, গবেষণার বাইরে উৎপাদিত ধানের একটি বড় অংশ কর্মকর্তা-কর্মচারীদের মধ্যে ভাগ করে নেওয়া হচ্ছে।

কুমিল্লা সদর উপজেলার শাসনগাছা এলাকায় সরেজমিনে দেখা গেছে ঠাকুরগাঁও থেকে আসা শ্রমিকরা প্রতিদিন ৯০০–১০০০ টাকা মজুরিতে ধান কাটছেন, যা বাজারদরের চেয়ে বেশি। সূত্র জানায়, এই অতিরিক্ত ব্যয়ে সরকারি অর্থের অপচয় হচ্ছে। একই সঙ্গে হারভেস্টারটি ব্যবহার না করে ফেলে রাখার বিষয়টি প্রশ্নবিদ্ধ হয়ে উঠেছে।

খামার ব্যবস্থাপক জহিরুল হক শামীম জানান, ইনস্টিটিউটের প্রায় ৬৭ একর জমি রয়েছে এবং ধান কাটার যন্ত্রটি প্রায় এক বছর ধরে নষ্ট। তিনি বলেন, কিছু ধান ঢাকা থেকে আনা হারভেস্টার দিয়ে কাটা হলেও বর্তমানে জমিতে পানি থাকায় শ্রমিক দিয়েই কাজ চালাতে হচ্ছে।