জাপানে মুসলিমবিদ্বেষ ক্রমেই বাড়ছে, বিশেষ করে মসজিদ নির্মাণ প্রকল্পগুলোকে ঘিরে তীব্র বিরোধ দেখা দিয়েছে। ২০২৫ সালের শেষের দিকে ফুডিসাওয়া শহরে একটি মসজিদ নির্মাণের পরিকল্পনা হলে এর বিরুদ্ধে অনলাইনে ৩২ হাজারের বেশি মানুষ স্বাক্ষর করেন এবং প্রায় ১০ লাখ ইয়েন সংগ্রহ করা হয়। আইনি সব শর্ত পূরণ করেও প্রকল্পটি নিয়ে শহর সরকারের বিরুদ্ধে বিক্ষোভ হয়। ডানপন্থি রাজনীতিবিদ ও সামাজিক যোগাযোগমাধ্যমের প্রভাবশালী ব্যক্তিরা অভিবাসীবিদ্বেষী প্রচারণা চালিয়ে মসজিদটিকে অপরাধের কেন্দ্র হিসেবে উপস্থাপন করার চেষ্টা করেন।

২০২৫ সাল পর্যন্ত জাপানে আনুমানিক ১৬৭টি মসজিদ রয়েছে এবং মুসলিম জনসংখ্যা প্রায় ৪ লাখ ২০ হাজার, যা মোট জনসংখ্যার ০.৩ শতাংশ। দেশটিতে ৯৯.৯ শতাংশ মৃতদেহ দাহ করা হয়, ফলে মুসলিমদের দাফনের জায়গা পাওয়া কঠিন। ১৯৬৭ সাল থেকে মুসলিমরা ব্যক্তিগত কবরস্থান তৈরির চেষ্টা করলেও স্থানীয়দের আপত্তির মুখে পড়ছেন। কিছু বৌদ্ধ ভিক্ষু তাদের কবরস্থান মুসলিমদের সঙ্গে ভাগ করে নেওয়ায় বর্তমানে প্রায় ১০টি মুসলিম কবরস্থান রয়েছে।

ইস্ট এশিয়ান ফোরামের তথ্যমতে, কেন্দ্রীয় সরকারের নির্দেশনা ও সম্পদের অভাবে স্থানীয় প্রশাসন অভিবাসন ও সংহতি বিষয়ক সংকট সামলাতে হিমশিম খাচ্ছে।