কুষ্টিয়ার ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয় (ইবি) ১৯৭৯ সালের ২২ নভেম্বর প্রতিষ্ঠিত হওয়ার পর থেকে এখন পর্যন্ত ১৪ জন উপাচার্য দায়িত্ব পালন করেছেন, কিন্তু তাদের মধ্যে মাত্র একজন পূর্ণ মেয়াদ শেষ করতে পেরেছেন। স্বাধীন বাংলাদেশের প্রথম পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয় হিসেবে ইবিতে প্রায়ই উপাচার্য পরিবর্তন হয়েছে অনিয়ম, দুর্নীতি ও রাজনৈতিক প্রভাবের অভিযোগে। বেশিরভাগ উপাচার্য মেয়াদ শেষ হওয়ার আগেই অপসারিত বা পদত্যাগে বাধ্য হয়েছেন।

ইবির একমাত্র পূর্ণ মেয়াদ সম্পন্ন উপাচার্য ছিলেন ইংরেজি বিভাগের অধ্যাপক মো. হারুন-উর-রশিদ আসকারী, যিনি ২০১৬ সালের ২১ আগস্ট থেকে ২০২০ সালের ২০ আগস্ট পর্যন্ত দায়িত্ব পালন করেন এবং নয়টি নতুন বিভাগ চালু করেন। সর্বশেষ উপাচার্য হিসেবে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের অধ্যাপক ড. নকীব মোহাম্মদ নসরুল্লাহ ২০২৪ সালের ২৪ সেপ্টেম্বর দায়িত্ব নেন, তার আগে জুলাই অভ্যুত্থানের পর অধ্যাপক শেখ আব্দুস সালাম পদত্যাগ করেন।

রাজশাহী ও ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষকরা সবচেয়ে বেশি উপাচার্য হিসেবে নিয়োগ পেয়েছেন, আর ইবি থেকে মাত্র তিনজন। বিএনপি সরকার গঠনের পর আবারও উপাচার্য পরিবর্তনের গুঞ্জন উঠেছে, তবে এবার শিক্ষার্থীরা ইবি থেকেই উপাচার্য নিয়োগের দাবি জানাচ্ছেন।