জাতীয় ঐকমত্য কমিশনের দ্বিতীয় পর্যায়ের আলোচনায় তত্ত্বাবধায়ক সরকার ব্যবস্থার ওপর কোনো চূড়ান্ত সিদ্ধান্ত না নিয়ে আলোচনা মুলতবি করা হয়েছে। জোনায়েদ সাকি বলেন, 'বিগত সময়ে তত্ত্বাবধায়ক সরকারের প্রধানের সঙ্গে বিচার বিভাগকে মেলানোর অভিজ্ঞতা সুখকর ছিল না। একইভাবে রাষ্ট্রপতিকে প্রধান উপদেষ্টা করার সিদ্ধান্তও ভালো ফল বয়ে আনেনি। রাজনৈতিক দলগুলো তত্ত্বাবধায়ক সরকারের প্রধান নির্বাচন সংসদের হাতে রাখতে সাত সদস্যের একটি কমিটি গঠনের প্রস্তাব দিয়েছে, যারা জাতীয় নির্বাচনের আগে প্রধান উপদেষ্টা নির্বাচিত করবে।' পাশাপাশি প্রধান বিচারপতি নিয়োগ প্রক্রিয়ায় আপিল বিভাগের জ্যেষ্ঠ বিচারপতির পরিবর্তে দুজনের মধ্য থেকে একজন নির্বাচন করার প্রস্তাব এসেছে। তবে বিচারপতি নিয়োগে পূর্বের রাজনৈতিক প্রভাব নিয়ে প্রশ্ন উঠেছে এবং বিচার ব্যবস্থার স্বচ্ছতার জন্য প্রধান বিচারপতি নিয়োগ প্রক্রিয়া পুনর্বিবেচনার দাবি জানানো হয়েছে।