বাংলাদেশের অন্তর্বর্তী সরকারের গঠিত জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশন ২০০৯ সালের পিলখানায় বিডিআর সদর দপ্তরে সংঘটিত নৃশংস হত্যাকাণ্ডে আওয়ামী লীগ ও তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার সম্পৃক্ততার প্রমাণ পেয়েছে বলে জানিয়েছে। ১১ মাসের তদন্ত শেষে কমিশন প্রধান উপদেষ্টার কাছে প্রতিবেদন জমা দিয়েছে। কমিশনের সাক্ষী ১৮ নম্বর কয়েদি মোহাম্মদ আব্দুল মতিনের জবানবন্দিতে উঠে এসেছে, হত্যাকাণ্ডের দিন শেখ হাসিনার পিলখানায় যাওয়ার কথা থাকলেও তিনি শেষ পর্যন্ত যাননি। অপর এক সাক্ষী দরজি আকাশ জানান, হত্যাকাণ্ডের কিছুদিন আগে তিনি তৎকালীন স্বরাষ্ট্র প্রতিমন্ত্রী সোহেল তাজের জন্য একটি ইউনিফর্ম তৈরি করেছিলেন, যা অফিসারদের মধ্যে কৌতূহল সৃষ্টি করে। ২০০৯ সালের ২৫ ও ২৬ ফেব্রুয়ারির ওই বিদ্রোহে ৫৭ সেনা কর্মকর্তা নিহত হন। কমিশনের এই প্রতিবেদন রাজনৈতিক অঙ্গনে নতুন বিতর্কের জন্ম দিতে পারে।