জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশনের প্রতিবেদনে ২০০৯ সালের বিডিআর হত্যাকাণ্ডে তৎকালীন ক্ষমতাসীন আওয়ামী লীগ ও বহিঃশক্তির সরাসরি সম্পৃক্ততার শক্তিশালী প্রমাণ পাওয়া গেছে। রবিবার প্রধান উপদেষ্টা অধ্যাপক মুহাম্মদ ইউনূসের কাছে জমা দেওয়া প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, ঘটনাটি ছিল পরিকল্পিত এবং এর মূল সমন্বয়কারী ছিলেন তৎকালীন সংসদ সদস্য শেখ ফজলে নূর তাপস। কমিশনের প্রধান অবসরপ্রাপ্ত মেজর জেনারেল আ ল ম ফজলুর রহমান জানান, ধ্বংসপ্রাপ্ত আলামত ও অনুপস্থিত সাক্ষীর মধ্যেও তদন্তে সর্বোচ্চ পেশাদারিত্ব বজায় রাখা হয়েছে। প্রতিবেদনে উল্লেখ করা হয়েছে, তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার ‘গ্রিন সিগন্যাল’ পাওয়ার পর ঘটনাটি সংঘটিত হয় এবং আইনশৃঙ্খলা বাহিনী ও গোয়েন্দা সংস্থাগুলোর চরম ব্যর্থতা ছিল। কমিশন ভবিষ্যতে এমন ঘটনা প্রতিরোধ ও ভুক্তভোগীদের ন্যায়বিচার নিশ্চিত করতে বেশ কিছু সুপারিশ করেছে।