বাংলাদেশের জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশন সম্প্রতি প্রধান উপদেষ্টার কাছে জমা দেওয়া প্রতিবেদনে দাবি করেছে, ২০০৯ সালের পিলখানার বিডিআর হত্যাকাণ্ডে ভারতের ঘনিষ্ঠ ও বহুমাত্রিক সম্পৃক্ততা ছিল। প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, ভারত এই ঘটনার মাধ্যমে পাঁচটি কৌশলগত সুবিধা অর্জন করতে চেয়েছিল—বিডিআরকে নেতৃত্বশূন্য করা, সেনাবাহিনীর মনোবল ভাঙা, শান্তিরক্ষা মিশনে মর্যাদা ক্ষুণ্ন করা, সার্বভৌমত্বে আঘাত হানা এবং সামরিক বাহিনীকে ভারতনির্ভর করে তোলা।

প্রতিবেদনে সামরিক কর্মকর্তা, প্রত্যক্ষদর্শী ও বিদেশি গবেষণার উদ্ধৃতি দিয়ে বলা হয়েছে, বিদ্রোহের আগে ভারতের বারাসাতে ‘র’-এর সঙ্গে বৈঠক হয়েছিল এবং এতে কিছু বাংলাদেশি রাজনৈতিক নেতার সম্পৃক্ততার ইঙ্গিত পাওয়া যায়। ভারতীয় কূটনীতিক নিরাজ শ্রীবাস্তবের মন্তব্য ও ২০০১ সালের পদুয়া সংঘর্ষের প্রেক্ষাপটও প্রতিবেদনে উল্লেখ করা হয়েছে।

যদিও প্রতিবেদনটির তথ্য স্বাধীনভাবে যাচাই করা যায়নি, এটি বাংলাদেশ-ভারত সম্পর্ক ও নিরাপত্তা সহযোগিতা নিয়ে নতুন বিতর্ক সৃষ্টি করতে পারে। সরকার এ বিষয়ে কূটনৈতিক পদক্ষেপ নেবে কি না, তা এখনো স্পষ্ট নয়।