২০০৯ সালের বিডিআর বিদ্রোহ নিয়ে গঠিত জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশনের প্রতিবেদনে দাবি করা হয়েছে, বিদ্রোহ চলাকালে সেনা অভিযান চালালে ভারত বাংলাদেশে হামলা চালানোর হুমকি দিয়েছিল। রোববার প্রধান উপদেষ্টা অধ্যাপক মুহাম্মদ ইউনূসের কাছে জমা দেওয়া প্রতিবেদনে বলা হয়, ঘটনাটি ছিল পূর্বপরিকল্পিত ও রাজনৈতিকভাবে সমন্বিত হত্যাযজ্ঞ, যেখানে আওয়ামী লীগের কিছু নেতার সম্পৃক্ততার অভিযোগ আনা হয়েছে। তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা ও সেনাপ্রধান মঈন ইউ আহমদের ভূমিকা নিয়েও প্রশ্ন তোলা হয়েছে। প্রতিবেদনে উল্লেখ করা হয়, বিডিআরের অভ্যন্তরীণ ক্ষোভ ও প্রতিবেশী দেশের প্রভাব এই বিদ্রোহের পেছনে ভূমিকা রেখেছিল। অবসরপ্রাপ্ত মেজর জেনারেল আ ল ম ফজলুর রহমানের নেতৃত্বে কমিশনটি এই তদন্ত পরিচালনা করে। ২০০৯ সালের পিলখানা হত্যাকাণ্ডে ৫৭ জন সেনা কর্মকর্তা নিহত হন, যার মধ্যে ছিলেন তৎকালীন ডিজি মেজর জেনারেল শাকিল আহমদ। এই প্রতিবেদনটি ঘটনার নেপথ্যের নায়ক ও প্রকৃত কারণ উদঘাটনের উদ্দেশ্যে তৈরি করা হয়েছে।