কওমি মাদরাসাভিত্তিক অরাজনৈতিক সংগঠন হেফাজতে ইসলাম বাংলাদেশ নেতৃত্ব ও দিকনির্দেশনা নিয়ে গভীর বিভক্তির মধ্যে রয়েছে। ত্রয়োদশ জাতীয় নির্বাচনের আগে ও পরে সংগঠনটির কেন্দ্রীয় কমিটি কার্যত নিষ্ক্রিয় হয়ে পড়ে। বিভাজন নিরসনে সাব-কমিটি গঠন ও কিছু নেতাকে বহিষ্কার করা হলেও ঐক্য পুনরুদ্ধারে অনিশ্চয়তা রয়ে গেছে। সম্প্রতি ঢাকা ও চট্টগ্রামে অনুষ্ঠিত বৈঠকে পুনর্মিলন ও ভবিষ্যৎ কর্মসূচি নিয়ে আলোচনা হলেও কেন্দ্রীয় পর্যায়ে কার্যক্রম এখনো স্থবির।

২০১০ সালে আল্লামা শাহ আহমদ শফীর নেতৃত্বে ইসলামবিরোধী কর্মকাণ্ডের প্রতিবাদে গঠিত হেফাজত ১৩ দফা দাবির আন্দোলন ও ২০১৩ সালের শাপলা চত্বর সমাবেশের মাধ্যমে আলোচনায় আসে। পরবর্তী সময়ে দমন-পীড়ন, নেতৃত্ব পরিবর্তন ও বিভিন্ন রাজনৈতিক জোটে সম্পৃক্ততার কারণে সংগঠনটি একাধিক ভাগে বিভক্ত হয়ে পড়ে। সাম্প্রতিক নির্বাচনে ভিন্ন ভিন্ন রাজনৈতিক অবস্থান নেওয়ায় ঐক্য আরও দুর্বল হয়েছে।

বর্তমান নেতারা জানান, হজ শেষে সংগঠনের ধর্মীয় ঐক্য পুনরুদ্ধার ও শৃঙ্খলা ফিরিয়ে আনার উদ্যোগ নেওয়া হবে। তারা পুরোনো মামলা প্রত্যাহার ও শাপলা চত্বর হত্যাকাণ্ডের বিচারের দাবিও পুনরায় উত্থাপন করতে চান।