দীর্ঘ ১৬ বছর পর পিলখানা হত্যাকাণ্ডের তদন্তে স্বাধীন কমিশনের ৪০০ পৃষ্ঠার প্রতিবেদন প্রকাশ পেয়েছে, যেখানে উঠে এসেছে বহু অজানা ও স্পর্শকাতর তথ্য। প্রতিবেদনে তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা, সাবেক এমপি ব্যারিস্টার ফজলে নূর তাপসসহ আওয়ামী লীগের প্রভাবশালী নেতা, সেনা কর্মকর্তা ও গোয়েন্দা সংস্থার সদস্যসহ অর্ধশতাধিক ব্যক্তির নাম এসেছে। কমিশন বলেছে, রাজনৈতিক অনুমোদন, প্রশাসনিক নিষ্ক্রিয়তা ও গোয়েন্দা ব্যর্থতার সমন্বয়ে এই হত্যাযজ্ঞ সংঘটিত হয়। প্রতিবেদনে শেখ হাসিনার ‘গ্রিন সিগন্যাল’ এবং তাপসের সমন্বয় ভূমিকার অভিযোগ আনা হয়েছে। আরও অভিযোগ রয়েছে কয়েকজন মন্ত্রী ও সামরিক কর্মকর্তার বিরুদ্ধে উদ্ধার অভিযান বাধাগ্রস্ত ও সত্য গোপনের। স্বরাষ্ট্র উপদেষ্টা জানিয়েছেন, মন্ত্রণালয় প্রতিবেদনটি গুরুত্বসহকারে পর্যালোচনা করছে এবং সুপারিশগুলো বাস্তবায়ন করা হবে। ২০০৯ সালের এই ঘটনায় ৫৭ সেনা কর্মকর্তাসহ ৭৪ জন নিহত হয়েছিলেন, যা বাংলাদেশের ইতিহাসে অন্যতম ভয়াবহ হত্যাকাণ্ড হিসেবে বিবেচিত।