শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের নির্দেশনায় বলা হয়েছে, এমপিও সংশ্লিষ্ট বিভিন্ন সমস্যা কিংবা ব্যক্তিগত অভিযোগ নিয়ে অনেক শিক্ষক ও প্রতিষ্ঠান প্রধান নিয়ম লঙ্ঘন করে সরাসরি সচিব বরাবর আবেদন করে থাকেন। এতে মন্ত্রণালয়ের স্বাভাবিক কাজের গতি ব্যাহত হয় এবং আইন অনুযায়ী প্রয়োজনীয় ব্যবস্থা গ্রহণে জটিলতা সৃষ্টি হয়। নতুন নির্দেশনায় শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের আওতাধীন সব কর্মকর্তা-কর্মচারী, শিক্ষা প্রতিষ্ঠানের প্রধান, শিক্ষক-শিক্ষিকাসহ ম্যানেজিং কমিটি ও গভর্নিং বডির সদস্যদের যথাযথ অনুমতি ছাড়া সরাসরি মন্ত্রণালয়ে আবেদন না করার নির্দেশ দেওয়া হয়েছে।