চট্টগ্রামের সাউদার্ন ইউনিভার্সিটি বাংলাদেশে সরকারি নির্দেশনা, ইউজিসির বিধি এবং আদালতের সিদ্ধান্ত মানা নিয়ে বোর্ড অব ট্রাস্টিজের বিরুদ্ধে অভিযোগ উঠেছে। প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, গত সাড়ে তিন বছরে বিভিন্ন সরকারি আদেশের বিরুদ্ধে অন্তত আটটি রিট করা হয়েছে। ২০২৫ সালের ২৫ মে রাষ্ট্রপতির আদেশে ব্রিগেডিয়ার জেনারেল মো. ফারুককে প্রশাসক নিয়োগ দেওয়া হলেও আদালত নিয়োগ বৈধ বলার পরও তাঁকে দায়িত্ব পালনে সহযোগিতা করা হয়নি বলে অভিযোগ।

বিশ্ববিদ্যালয়ের ওয়েবসাইটে ট্রেজারার ড. শরীফ আশরাফুজ্জামানকে ভারপ্রাপ্ত ভিসি হিসেবে দেখানো হচ্ছে। প্রতিবেদনে বলা হয়, সাবেক ভিসি অধ্যাপক মোজাম্মেল হকের অভিযোগের পর ইউজিসির পাঁচ সদস্যের তদন্ত কমিটি সরোয়ার জাহান ও ইসরাত জাহানের বিরুদ্ধে আর্থিক অনিয়ম ও সনদ জালিয়াতির প্রমাণ পায়। তাদের বিরুদ্ধে দুদকের মামলা বর্তমানে বিচারাধীন।

শিক্ষা মন্ত্রণালয় জানিয়েছিল, রাষ্ট্রপতি ছাড়া মেয়াদ শেষ হওয়ার আগে মোজাম্মেল হককে অপসারণ বেআইনি। সংশ্লিষ্টদের আশঙ্কা, শরীফ আশরাফুজ্জামানের সময়ে দেওয়া প্রায় দুই হাজার সনদ বাতিল হতে পারে। প্রশাসক মো. ফারুক বলেছেন, তিনি কোনো সহযোগিতা পাননি এবং পরিকল্পনা অনুযায়ী কাজ শুরু করতে পারেননি। সরোয়ার জাহান ও শরীফ আশরাফুজ্জামান প্রতিবেদকের কল ও বার্তার জবাব দেননি।