বাংলাদেশ পরমাণু শক্তি কমিশনের স্বায়ত্তশাসন পুনঃপ্রতিষ্ঠা ও মন্ত্রণালয়ের অযাচিত হস্তক্ষেপের প্রতিবাদ জানিয়েছেন কমিশন। তাদের দাবি, স্বায়ত্তশাসনের চরম সংকট সৃষ্টি হয়েছে। এতে বিজ্ঞানীদের উচ্চশিক্ষা ও প্রশিক্ষণে বাধা সৃষ্টি, বেতন বৈষম্য ও পদ অবনমন, নবীন বিজ্ঞানীদের অনুৎসাহিত করা, রূপপুর পরমাণু বিদ্যুৎ প্রকল্পে কমিশনের অধিকার খর্ব, উপযোগিতা যাচাই না করেই সিস্টেম চাপিয়ে দেওয়ার অপচেষ্টা চলছে। প্রয়োজনীয় পদ সৃষ্টি না হওয়ায় হচ্ছে না পদোন্নতি। আটকে গেছে প্রায় ৬০০ বিজ্ঞানী ও ২৫০০ কর্মকর্তা-কর্মচারীর বেতন-ভাতা। পূর্ণ কমিশন না থাকা ও মন্ত্রণালয়ের অযাচিত হস্তক্ষেপ এবং কর্তৃত্ববাদী আচরণের কারণে কমিশনের বিজ্ঞানী, কর্মকর্তা এবং কর্মচারীরা বাপশক আইন ২০১৭ ও বাপশক চাকরি বিধিমালা ১৯৮৫তে প্রদত্ত সুবিধাদি থেকে বঞ্চিত হচ্ছেন বলে অভিযোগ।