পরিকল্পিত প্রশাসনিক রাজধানীর সীমা ছাড়িয়ে ইসলামাবাদ বৃহৎ মহানগর অঞ্চলে পরিণত হওয়ায় এর শাসনকাঠামো নিয়ে নতুন বিতর্ক তৈরি হয়েছে। ২০২৩ সালের আদমশুমারিতে ইসলামাবাদ ক্যাপিটাল টেরিটরির জনসংখ্যা ২৩ লাখ ৬০ হাজারের বেশি, বার্ষিক বৃদ্ধির হার ২ দশমিক ৮ শতাংশ এবং প্রায় ৫৩ শতাংশ মানুষ গ্রামীণ এলাকায় বাস করেন। ২০২৬ সালের জুনে পাকিস্তানের পরিকল্পনামন্ত্রী নির্বাচিত ইসলামাবাদ ক্যাপিটাল টেরিটরি অ্যাসেম্বলি ও স্থানীয়ভাবে দায়বদ্ধ প্রধান নির্বাহী গঠনের প্রয়োজনীয়তার কথা বলেন।

ফেডারেল মন্ত্রণালয়, ক্যাপিটাল ডেভেলপমেন্ট অথরিটি, ইসলামাবাদ ক্যাপিটাল টেরিটরি প্রশাসনসহ বিভিন্ন প্রতিষ্ঠানের দায়িত্ব পরস্পর যুক্ত থাকায় নাগরিক সেবার জবাবদিহি জটিল হয়েছে। সড়ক, পানি, বর্জ্য ব্যবস্থাপনা, আবাসন, পরিবেশ ও নগর সম্প্রসারণের ক্ষেত্রে চূড়ান্ত দায়ী প্রতিষ্ঠান কোনটি, তা অনেক সময় স্পষ্ট থাকে না। জাতীয় রাজনীতিতে প্রতিনিধিত্ব থাকলেও দৈনন্দিন নগর ব্যবস্থাপনার জন্য পূর্ণাঙ্গ নির্বাচিত স্থানীয় সরকার নেই।

প্রস্তাবিত কাঠামোয় ২৭ সদস্যের অ্যাসেম্বলি স্বাস্থ্য, শিক্ষা, পরিবেশ ও জনসেবায় প্রশাসনিক ও আর্থিক স্বায়ত্তশাসন পাবে, যদিও কিছু দায়িত্ব ফেডারেল সরকারের অধীনে থাকবে। সমন্বিত মহানগর পরিকল্পনা, সম্পত্তি করসহ স্থানীয় রাজস্ব এবং সম্ভাব্য ফেডারেল ক্যাপিটাল গ্রান্টের কথাও বলা হয়েছে। তবে ক্ষমতার সীমা, অর্থের উৎস, ফেডারেল সংস্থার সঙ্গে সমন্বয় এবং সিডিএর ভবিষ্যৎ ভূমিকা স্পষ্ট করা জরুরি।