বাংলাদেশ জামায়াতে ইসলামীর আমির ডা. শফিকুর রহমান অভিযোগ করেছেন, ২০০৬ সালের ২৮ অক্টোবর রাজধানীর পল্টনে জামায়াতের নেতাকর্মীদের লক্ষ্য করে সংঘটিত সহিংসতায় আওয়ামী লীগের সঙ্গে তাদের বামপন্থি মিত্ররাও সরাসরি অংশ নিয়েছিল। পল্টন ট্র্যাজেডির শহীদদের স্মরণে আয়োজিত মতবিনিময় ও আলোচনা সভায় মঙ্গলবার, ২৭ অক্টোবর, সভাপতির বক্তব্যে তিনি এ কথা বলেন। তিনি ছাত্র ইউনিয়ন নেতা বাপ্পাদিত্য বসুর নামও উল্লেখ করেন।

রহমান বলেন, ঘটনাটি কেবল আওয়ামী লীগের কর্মকাণ্ড ছিল না। তাঁর ভাষ্য অনুযায়ী, ঘটনার এক সপ্তাহ আগে কর্মীদের লগি-বৈঠা নিয়ে ঢাকায় আসার আহ্বান জানানো হয়েছিল। তিনি আরও অভিযোগ করেন, হত্যাকাণ্ডের পর লাশ সরিয়ে ফেলার চেষ্টা হয়েছিল এবং উপস্থিত নেতাকর্মীদের প্রতিরোধে তা ব্যর্থ হয়। চারদলীয় জোট সরকার ক্ষমতায় থাকা অবস্থায় সকাল থেকে মাগরিব পর্যন্ত পুলিশ কেন নিষ্ক্রিয় ছিল, সে প্রশ্নও তোলেন তিনি।

জামায়াত আমিরের অভিযোগ, এক-এগারোর পটপরিবর্তনের পর ২০০৯ সালে আওয়ামী লীগ ক্ষমতায় এসে পল্টন হত্যাকাণ্ডের মামলা প্রত্যাহার এবং নথিপত্র গায়েব করে। তিনি ২০০৬ সালের ২৮ অক্টোবরের ঘটনাসহ গত সাড়ে ১৫ বছরের সব গণহত্যা ও মানবতাবিরোধী অপরাধে জড়িতদের নিরপেক্ষ ও স্বচ্ছ বিচারের দাবি জানান।