জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশনের প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, ২০০৯ সালের ঢাকার পিলখানায় বিডিআর সদর দপ্তরে সংঘটিত বিদ্রোহ ও হত্যাকাণ্ড ছিল পরিকল্পিত এবং এতে তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার নেতৃত্বাধীন আওয়ামী লীগ সরাসরি জড়িত ছিল। প্রতিবেদনে দাবি করা হয়, তৎকালীন এমপি শেখ ফজলে নূর তাপস ছিলেন ঘটনার মূল সমন্বয়কারী এবং শেখ হাসিনা ‘গ্রিন সিগন্যাল’ দিয়েছিলেন। কমিশন ভারতের সম্পৃক্ততারও শক্ত প্রমাণ পেয়েছে এবং জানায়, ভারতীয় হুমকির কারণে সেনাবাহিনী অভিযান চালায়নি। মেজর জেনারেল (অব.) আ. ল. ম. ফজলুর রহমানের নেতৃত্বাধীন কমিশনটি প্রধান উপদেষ্টা ড. মুহাম্মদ ইউনূসের কাছে প্রতিবেদন জমা দেয়। প্রতিবেদনে আওয়ামী লীগ নেতাদের পাশাপাশি কিছু নিরাপত্তা কর্মকর্তা ও সাংবাদিকের ভূমিকা নিয়েও প্রশ্ন তোলা হয়েছে। কমিশন ভবিষ্যতে এমন ঘটনা এড়াতে ও ভুক্তভোগীদের ন্যায়বিচার নিশ্চিত করতে সুপারিশ করেছে। এই প্রতিবেদন প্রকাশের পর ঘটনাটি নিয়ে নতুন করে বিতর্ক শুরু হয়েছে।