চিফ প্রসিকিউটর তাজুল ইসলাম বলেছেন, শেখ হাসিনার বিরুদ্ধে মানবতাবিরোধী পাঁচটি অভিযোগ রয়েছে। দুটি অভিযোগ প্রকাশ করা হয়েছে। প্রথম অভিযোগটি হচ্ছে, শেখ হাসিনা মানবতাবিরোধী অপরাধে উসকানি ও প্ররোচনা দিয়েছেন। এক সংবাদ সম্মেলনে রাজাকারের নাতিপুতি বলে উল্লেখ করেছিলেন। এটা বলার মাধ্যমে তাদের বিরুদ্ধে রাষ্ট্রীয় বাহিনীগুলোকে লেলিয়ে দেওয়া হয়েছিল। পাশাপাশি আওয়ামী লীগ, যুবলীগ, ছাত্রলীগ আন্দোলনকারীদের ওপর ঝাঁপিয়ে পড়ে। এরপর তারা মানবতাবিরোধী এসব অপরাধগুলো করে। আরও বলেন, দ্বিতীয় যে অভিযোগের কথা বলা হয়েছে সেটা হচ্ছে সরাসরি নির্দেশ। তদন্ত সংস্থা শেখ হাসিনার অনেকগুলো টেলিফোন কনভারসেশন জব্দ করেছে। সেখানে তিনি বারবার সুস্পষ্টভাবে নিশ্চিত করেছেন, রাষ্ট্রীয় সকল বাহিনীকে নির্দেশ দিয়েছেন, হেলিকপ্টার ,ড্রোন, এপিসিসহ মারণাস্ত্র ব্যবহার করে নিরস্ত্র নিরীহ আন্দোলনকারীদের নির্মূল করার নির্দেশনা প্রদান করেছেন।
মানবতাবিরোধী অপরাধে উসকানি ও প্ররোচনা এবং সরাসরি নির্দেশের প্রমাণসহ হাসিনার বিরুদ্ধে তদন্ত প্রতিবেদন জমা