বাংলাদেশের অন্তর্বর্তী সরকারের গঠিত জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশন ২০০৯ সালের পিলখানা হত্যাযজ্ঞে আওয়ামী লীগের কয়েকজন নেতার সম্পৃক্ততা ও ভারতের সংশ্লিষ্টতার অভিযোগ তুলেছে। কমিশনের প্রতিবেদনটি প্রধান উপদেষ্টা অধ্যাপক মুহাম্মদ ইউনূসের কাছে জমা দেওয়া হয়। প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, তৎকালীন সংসদ সদস্য শেখ ফজলে নূর তাপস ঘটনাটির মূল সমন্বয়কারী ছিলেন এবং তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার ‘গ্রিন সিগন্যাল’ ছিল। সাক্ষীদের জবানবন্দিতে উঠে এসেছে, তাপসের নির্দেশে এক যুবক মিছিল সংগঠিত করে বিডিআর সদর দপ্তরে প্রবেশ করে এবং যুবলীগের সদস্যরাও এতে অংশ নেয়। একাধিক সাক্ষী সরকারের সিদ্ধান্ত গ্রহণে বিলম্ব, ট্যাংক না পাঠানো, জাতীয় নিরাপত্তা কাউন্সিলের বৈঠক না ডাকা এবং সাধারণ ক্ষমা ঘোষণাকে বড় ভুল হিসেবে উল্লেখ করেছেন। কমিশনের এই প্রতিবেদন পূর্ববর্তী সরকারি বর্ণনার সঙ্গে সাংঘর্ষিক এবং রাজনৈতিক ও বহিরাগত প্রভাবের ইঙ্গিত দেয়।