বাংলাদেশের জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশনের প্রতিবেদনে ২০০৯ সালের পিলখানা বিডিআর হত্যাকাণ্ডে সাবেক প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা, তৎকালীন সেনাপ্রধান মইন ইউ আহমেদ এবং বিদেশি শক্তির সম্পৃক্ততার অভিযোগ আনা হয়েছে। মেজর জেনারেল (অব.) আ ল ম ফজলুর রহমানের নেতৃত্বাধীন কমিশন প্রধান উপদেষ্টা ড. মুহাম্মদ ইউনূসের কাছে প্রতিবেদনটি জমা দেয়। প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, সেনাবাহিনী কেন ঘটনাস্থলে নিষ্ক্রিয় ছিল তা রহস্যজনক। কমিশনের দাবি, হত্যাকাণ্ডটি পরিকল্পিত ছিল এবং শেখ ফজলে নূর তাপস এর সমন্বয়ক ছিলেন। স্থানীয় আওয়ামী লীগও ঘটনাটি আড়াল করতে ভূমিকা রাখে। তদন্তে দেখা গেছে, বহু প্রমাণ নষ্ট হয়েছে এবং কিছু অভিযুক্ত বিদেশে পালিয়ে গেছে। পুলিশ, র‌্যাব ও গোয়েন্দা সংস্থার ব্যর্থতা এবং কিছু গণমাধ্যমের অপেশাদার আচরণও উল্লেখ করা হয়েছে। কমিশন ভবিষ্যতে এমন ঘটনা প্রতিরোধ ও ভুক্তভোগীদের ন্যায়বিচার নিশ্চিত করতে সুপারিশ করেছে। প্রতিবেদনটি জাতীয় আলোচনায় নতুন বিতর্ক সৃষ্টি করেছে।