মো. সাহাবুদ্দিন চুপ্পু রাষ্ট্রপতি হিসেবে তিন বছর তিন মাস দায়িত্ব পালনের পর পদত্যাগের সিদ্ধান্ত নিয়েছেন। আওয়ামী লীগ, অন্তর্বর্তী সরকার এবং নির্বাচিত বিএনপি সরকার—তিন ভিন্ন সময়ের প্রধানদের শপথ পড়ান তিনি। ২০২৬ সালের নির্বাচনে বিএনপির জয়ের পরও তিনি পদে ছিলেন, তবে বিএনপি সরকার গঠনের সাড়ে পাঁচ মাসের মাথায় তার বঙ্গভবন অধ্যায়ের সমাপ্তি ঘটল।

অন্তর্বর্তী সরকারের সময় তাকে অপসারণের উদ্যোগ উঠলেও সাংবিধানিক ধারাবাহিকতার কথা বলে বিএনপি তার পাশে দাঁড়িয়েছিল। নির্বাচনে জয়ের ১০ দিন পর এক সাক্ষাৎকারে চুপ্পু কঠিন সময়ে বিএনপি ও এর শীর্ষ নেতৃত্বের সমর্থনের কথা বলেন এবং তারেক রহমানকে আন্তরিক ব্যক্তি হিসেবে উল্লেখ করেন। পরে বিএনপি সরকারের সঙ্গে তার দূরত্ব তৈরি হয় বলে প্রতিবেদনে বলা হয়েছে। বঙ্গভবন সূত্রের ভাষ্য অনুযায়ী, বিএনপির উচ্চপর্যায় থেকেই তাকে পদত্যাগের বার্তা দেওয়া হয়েছিল।

২০২৩ সালের ২৪ এপ্রিল দেশের ২২তম রাষ্ট্রপতি হিসেবে শপথ নেওয়া চুপ্পুর রাজনৈতিক পরিচয় ও নিয়োগের বৈধতা নিয়ে বিতর্ক ছিল। ২০২৪ সালে শেখ হাসিনার পদত্যাগপত্র নিয়ে তার পরস্পরবিরোধী বক্তব্য নতুন বিতর্ক সৃষ্টি করে। অন্তর্বর্তী সরকারের সময় তিনি রয়টার্সকে বলেন, মুহাম্মদ ইউনূসের নেতৃত্বাধীন সরকারের কারণে তিনি অপমানিত বোধ করছেন এবং তার কণ্ঠরোধের চেষ্টা হয়েছে।