বিএনপি সরকার ক্ষমতায় আসার পর দেশের ৫৯টি পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়ের অন্তত ২৫টিতে নতুন উপাচার্য নিয়োগ দেওয়া হয়েছে। সরকার গঠনের এক মাসের মধ্যেই এসব নিয়োগ শুরু হয়, যেখানে অন্তর্বর্তী সরকারের নিয়োগপ্রাপ্তদের সরিয়ে নতুনদের বসানো হয়। অভিযোগ উঠেছে, একাডেমিক যোগ্যতার চেয়ে রাজনৈতিক বিবেচনাকেই অগ্রাধিকার দেওয়া হচ্ছে। নতুন নিয়োগপ্রাপ্তদের অনেকে বিএনপি-ঘনিষ্ঠ শিক্ষক সংগঠন যেমন জিয়া পরিষদ ও সাদা দলের সঙ্গে যুক্ত।

শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের পুনর্গঠিত সার্চ কমিটি আনুষ্ঠানিকভাবে সুপারিশের দায়িত্বে থাকলেও বাস্তবে তা অনুসরণ করা হয়নি বলে জানা গেছে। বেগম রোকেয়া ও জামালপুর বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়সহ কয়েকটি প্রতিষ্ঠানে নিয়োগ ঘিরে বিক্ষোভ ও বিতর্ক দেখা দিয়েছে। বিরোধী দল জামায়াতে ইসলামী এসব পরিবর্তনকে দলীয়করণ বলে সমালোচনা করেছে।

বিএনপির নির্বাচনি ইশতেহারে মেধাভিত্তিক নিয়োগের প্রতিশ্রুতি থাকলেও সাম্প্রতিক নিয়োগগুলো তা নিয়ে প্রশ্ন তুলেছে। শিক্ষাবিদরা বিশ্ববিদ্যালয় নেতৃত্বে নৈতিকতা ও আইনি মানদণ্ড অনুসরণের আহ্বান জানিয়েছেন।