বাংলাদেশ জামায়াতে ইসলামী ও কওমি মাদরাসাভিত্তিক দেওবন্দী আলেমদের একাংশের মধ্যে দীর্ঘদিনের আকিদাগত দ্বন্দ্ব এখনো কাটেনি। জামায়াতের প্রতিষ্ঠাতা মাওলানা সাইয়েদ আবুল আলা মওদুদীর কিছু লেখাকে কেন্দ্র করে শুরু হওয়া এই মতবিরোধ ত্রয়োদশ জাতীয় নির্বাচনকে ঘিরে আবারও তীব্র হয়েছে। কওমি আলেমদের অভিযোগ, মওদুদীর কিছু মত নবী ও সাহাবাদের মর্যাদার সঙ্গে সাংঘর্ষিক। এ কারণে হেফাজতে ইসলামের আমির আল্লামা শাহ মুহিব্বুল্লাহ বাবুনগরী জামায়াতকে ভোট দেওয়া হারাম ঘোষণা করে বিএনপির প্রার্থীকে সমর্থন দেন, যা কওমি অঙ্গনে বিতর্ক সৃষ্টি করে।

অন্যদিকে জামায়াত নেতারা দাবি করেন, তাদের আকিদা মূল ইসলামের সঙ্গে সামঞ্জস্যপূর্ণ এবং মওদুদীর মতামত দলীয় নীতি নয়। তারা অভিযোগ করেন, কওমি আলেমদের একটি ছোট অংশ নির্বাচনের সময় এসব বিতর্ক উসকে দেয়। জামায়াতের আমির ডা. শফিকুর রহমান কওমি আলেমদের কাছে ক্ষমা চেয়ে ঐক্যের আহ্বান জানিয়েছেন। তরুণ কওমি আলেম মাওলানা আলী হাসান উসামা মনে করেন, এই দ্বন্দ্ব ধীরে ধীরে কমছে এবং আলোচনার মাধ্যমে সমাধান সম্ভব।

ধর্মীয় মতবিরোধ থেকে শুরু হওয়া এই দ্বন্দ্ব এখন রাজনৈতিক রূপ নিয়েছে, যা ইসলামী দলগুলোর জোট ও নির্বাচনী কৌশলে প্রভাব ফেলছে।