বাংলাদেশের পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়গুলো ও বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরি কমিশন (ইউজিসি)-এর মধ্যে গবেষণা তহবিল ব্যয়ের কর্তৃত্ব নিয়ে বিরোধ দেখা দিয়েছে। সরকার চলতি বছর থেকে গবেষণার অর্থ সরাসরি ইউজিসির মাধ্যমে বিতরণের সিদ্ধান্ত নেওয়ায় বিশ্ববিদ্যালয় প্রশাসন ও শিক্ষকরা ক্ষোভ প্রকাশ করেছেন। তাদের অভিযোগ, এই সিদ্ধান্তে বিশ্ববিদ্যালয় ও শিক্ষকদের স্বাধীনতা সীমিত হবে এবং ইউজিসির সাংগঠনিক সক্ষমতা এত বড় গবেষণা কার্যক্রম পরিচালনার জন্য যথেষ্ট নয়।

ইউজিসি চেয়ারম্যান অধ্যাপক মামুন আহমেদ জানান, নতুন নিয়মের লক্ষ্য অর্থের সর্বোচ্চ ব্যবহার নিশ্চিত করা এবং দ্বৈততা এড়ানো। তিনি বলেন, উপাচার্যদের সঙ্গে যৌথভাবে একটি নীতিমালা তৈরি করা হবে যাতে সরকারের সিদ্ধান্ত ও বিশ্ববিদ্যালয়ের স্বাতন্ত্র্য উভয়ই বজায় থাকে। ২০২৬–২৭ অর্থবছরে ইউজিসির বাজেটে গবেষণার জন্য ২৩৮ কোটি টাকা বরাদ্দ রাখা হয়েছে।

শিক্ষক ও বিশেষজ্ঞরা সতর্ক করেছেন যে এই পরিবর্তনে আমলাতান্ত্রিক জটিলতা বাড়তে পারে এবং গবেষণার মান ক্ষতিগ্রস্ত হতে পারে। ঢাকা ও জাহাঙ্গীরনগরসহ কয়েকটি বিশ্ববিদ্যালয় আগের নিয়মে বরাদ্দ ফেরানোর দাবি জানিয়েছে।