জনপ্রশাসন সংস্কার কমিশনের প্রতিবেদনে দেওয়া কিছু প্রস্তাব স্বাধীন বিচার বিভাগ প্রতিষ্ঠার ক্ষেত্রে অন্তরায় মনে করছে নিম্ন আদালতের বিচারকদের সংগঠন বাংলাদেশ জুডিশিয়াল সার্ভিস এসোসিয়েশন। জনপ্রশাসন সংস্কার কমিশনের প্রতিবেদনে জেলা কমিশনারকে জেলা ম্যাজিস্ট্রেট হিসেবে সিআর মামলার প্রকৃতির অভিযোগগুলো গ্রহণের সুপারিশ দেওয়া হয়েছে। তিনি তদন্তের জন্য উপজেলার কোনো কর্মকর্তা বা স্থানীয় বিশিষ্ট লোককে নির্দেশ দিতে পারবেন। পরবর্তীতে মামলা যাবে আদালতে। এতে সহজে মামলা করার সুযোগ হবে, ছোটখাটো অপরাধ আদালতের বাইরে নিষ্পত্তি হবে, মামলা জট কমবে। জুডিশিয়াল সার্ভিস এসোসিয়েশন একে অসাংবিধানিক, বিচার বিভাগের স্বাধীনতায় হস্তক্ষেপ এবং বিখ্যাত মাসদার মামলার রায়ের সঙ্গে সাংঘর্ষিক হিসেবে দেখছে। প্রশংসা করেছে বিচার বিভাগ সংস্কার কমিশনের প্রতিবেদনকে।