২০০৯ সালের পিলখানা বিডিআর হত্যাকাণ্ড ভারতের স্বার্থ রক্ষা ও তৎকালীন আওয়ামী লীগ সরকারের ক্ষমতা টিকিয়ে রাখার উদ্দেশ্যে সংঘটিত হয়েছিল বলে অভিযোগ করেছেন নিহত সেনা কর্মকর্তাদের পরিবারের সদস্যরা। রাজধানীর মহাখালীর রাওয়া ক্লাবে আয়োজিত সংবাদ সম্মেলনে তারা বলেন, সেনাবাহিনীতে যারা ভারতবিরোধী অবস্থান নিয়েছিলেন, তাদের ভয় দেখানোর জন্যই এই হত্যাকাণ্ড ঘটানো হয়। শহীদ পরিবারের সদস্যরা তদন্ত কমিশনের পূর্ণাঙ্গ প্রতিবেদন প্রকাশ ও অভিযুক্তদের বিরুদ্ধে দ্রুত ব্যবস্থা নেওয়ার দাবি জানান। অন্যদিকে, অন্তর্বর্তী সরকারের গঠিত জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশন জানিয়েছে, সেনাবাহিনীকে দুর্বল করা ও ক্ষমতা ধরে রাখার উদ্দেশ্যে এই হত্যাকাণ্ড সংঘটিত হয়। কমিশন শেখ হাসিনা, আওয়ামী লীগের কয়েকজন নেতা এবং কিছু সাবেক সেনা কর্মকর্তার সম্পৃক্ততার কথা উল্লেখ করেছে। ২০০৯ সালের ফেব্রুয়ারিতে বিডিআর সদর দপ্তরে সংঘটিত এই বিদ্রোহে ৫৭ জন সেনা কর্মকর্তা নিহত হন।