জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশনের প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, ২০০৯ সালের পিলখানা হত্যাকাণ্ডটি ছিল পরিকল্পিত এবং এতে বিদেশি শক্তির সরাসরি সম্পৃক্ততা ও তৎকালীন ক্ষমতাসীন আওয়ামী লীগের যোগসাজশের প্রমাণ মিলেছে। কমিশনের প্রধান মেজর জেনারেল (অব.) আ ল ম ফজলুর রহমান রোববার প্রধান উপদেষ্টা ড. মুহাম্মদ ইউনূসের কাছে প্রতিবেদনটি জমা দেন। প্রতিবেদনে বলা হয়, তৎকালীন সংসদ সদস্য ও পরবর্তী সময়ে ঢাকা দক্ষিণ সিটির মেয়র শেখ ফজলে নূর তাপস ছিলেন ঘটনার প্রধান সমন্বয়ক এবং তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার ‘গ্রিন সিগন্যাল’ ছিল। সেনাবাহিনী, পুলিশ ও গোয়েন্দা সংস্থার নিষ্ক্রিয়তা নিয়েও প্রশ্ন তোলা হয়েছে। তদন্তে দেখা গেছে, ঘটনার সঙ্গে জড়িত অনেকেই বিদেশে পালিয়ে গেছেন এবং বহু আলামত ধ্বংস হয়েছে। ৫৭ সেনা কর্মকর্তার প্রাণহানির এই ঘটনায় জাতির দীর্ঘদিনের প্রশ্নের উত্তর খুঁজে বের করার চেষ্টা করেছে কমিশন। প্রতিবেদনে ভবিষ্যতে এ ধরনের ঘটনা প্রতিরোধ ও ভুক্তভোগীদের ন্যায়বিচার নিশ্চিতের সুপারিশ করা হয়েছে।