জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশন জানিয়েছে, বিডিআর হত্যাকাণ্ডের ঘটনায় তৎকালীন গোয়েন্দা সংস্থাগুলো দায়িত্ব পালনে চরম অবহেলা ও ব্যর্থতার পরিচয় দিয়েছে। হত্যাকাণ্ডটি একটি দীর্ঘমেয়াদি ষড়যন্ত্রের ফল, যেখানে তৎকালীন রাজনৈতিক নেতাদের বিভিন্ন মাত্রায় সংশ্লিষ্টতার প্রমাণ পাওয়া গেছে। এক লিখিত বক্তব্যে কমিশনের সভাপতি মেজর জেনারেল (অব.) এ এল এম ফজলুর রহমান বলেন, নির্বিঘ্নে অপরাধ সম্পন্ন হয়েছে। ২৫ ফেব্রুয়ারির সকাল থেকেই পিলখানায় আটকে পড়া কর্মকর্তা ও তাদের পরিবারের সদস্যরা বারবার আকুতি জানালেও কোনো ব্যবস্থা নেওয়া হয়নি। তিনি জানান, তদন্ত চলছে। আওয়ামী লীগ নেতা মির্জা আজম ও জাহাঙ্গীর কবির নানক ইতোমধ্যে চিঠির মাধ্যমে লিখিত বক্তব্য দিয়েছেন।