ছাত্রদল সমর্থিত প্যানেলের অভিযোগ, জাকসু নির্বাচনে জামায়াতে ইসলামীর কোম্পানি থেকে নেয়া ব্যালটের মাধ্যমে ভোটগ্রহণ করা হচ্ছে এবং তাতে কারচুপির পাঁয়তারা চলছে। প্যানেলের ভিপি প্রার্থী শেখ সাদী হাসান বলেন, ক্রয় প্রক্রিয়া অনুসরণ না করে নির্বাচন কমিশন জামায়াতের কোনও এক অখ্যাত কোম্পানি থেকে ব্যালট পেপার ও ওএমআর মেশিন সরবরাহ করে। ছাত্রশিবির সমর্থিত প্যানেলকে বিজয়ী করার লক্ষ্যে ভোট গণনায় কারচুপির বিষয়টি জানাজানি হলে শিক্ষক-শিক্ষার্থীদের চাপের মুখে নির্বাচন কমিশন তাৎক্ষণিকভাবে ওএমআর মেশিনে ভোট গণনার পরিবর্তে ম্যানুয়ালি ভোট গণনার সিদ্ধান্ত নিয়ে প্রজ্ঞাপন জারি করে। সাদী হাসান আরও অভিযোগ করেন, ব্যালট পেপারের মাধ্যমে ভোট গ্রহণের দাবি জানালে নির্বাচন কমিশন আমাদের দাবি না মেনে জামায়াতের কোম্পানির ব্যালট দিয়েই ভোট গ্রহণের সিদ্ধান্ত নেয়। জামায়াত-শিবিরের অনেক নেতাকর্মী ক্যাম্পাসের আশেপাশে অবস্থান করছে, এমন তথ্য শোনা যাচ্ছে। এতে সাধারণ শিক্ষার্থীরা আতঙ্কিত।